这十年当中球队面临更新换代。在西班牙赛场球队依然战绩突出，夺得8次西甲联赛冠军，其中包括西甲五连冠和一次双冠王。在欧洲赛场，球队夺得第六座欧冠奖杯，当时的皇马被称为“Yeye之队”。
1961-62赛季皇家马德里重新展现出强大的实力，赢得双冠王（联赛和杯赛），并夺得欧冠亚军。1962年3月18日皇家马德里在自己的主场提前两轮赢得联赛冠军。1962年7月8日皇马在国王杯决赛中2比1击败塞维利亚夺冠。
作为西班牙足球和欧洲足球的领头人，1966年5月11日皇家马德里2比1击败贝尔格莱德游击，第六次捧起欧冠奖杯。当时斯蒂法诺和普斯卡什已经离开了球队，根托是球队的领军人物。那场比赛的首发11人是：阿拉基斯泰因、帕钦、佩德罗·德·费利佩、桑奇斯、皮里、佐科、塞雷纳、阿曼希奥、格罗索、根托、贝拉斯盖斯。在夺得第六座欧冠奖杯后，四位皇马球员模仿了当时风靡全球的披头士乐队，皇马也因此获得了“Yeye之队”的称号。Yeye这个词源自披头士乐队的歌曲<<She loves you>>的歌词。
伯纳乌意识到如果球队想要达到更高的程度，应该开始引入新鲜血液，对球队进行更新换代。1962年他将目光锁定在一个22岁的加利西亚前锋身上——“巫师”阿曼希奥·阿马罗，他是帮助拉科鲁尼亚升入甲联赛的重要功臣。加盟皇马后他深得球队主帅米格尔·穆尼奥斯 的喜爱，牢牢占据了主力位置。在场上他在成为右路的主人。凭借自身的实力，他赢得了马德里球迷的心。
俱乐部一直有给球队配备运动中心的计划，1963年5月18日一座专供皇马球员使用的体育城正式落成。马德里体育城是一个集球场、跑道、网球场于一体的大型运动中心。后来还修建了篮球馆、游泳池以及滑冰跑道。马德里体育城位于卡斯特利亚纳大街，这项工程的竣工在当时足坛轰动一时。体育城为皇马提供了宽阔的训练环境，同时也开始接纳年轻球员开始为未来培养人才。
1976年9月19日引进了胡安·戈麦斯，又叫做华尼托。马拉加人实现了儿时的梦想，穿上了皇马白色战袍。司职边锋的华尼托绝对算是天才球员，他在场上的一举一动，每一次触球都是实力和技术的体现。加盟皇马的第一场比赛对手是客场挑战巴塞罗那，在比赛中华尼托表现抢眼，帮助球队3-2获胜。在加盟的第一个赛季皇马夺得联赛冠军。华尼托亲手捍卫了皇马的荣耀。
在皇马征战11个赛季的传奇巨星阿尔弗莱德·迪·斯蒂法诺 同球迷挥手告别。1964年5月27日是他最后一次代表皇家马德里出场比赛，为他辉煌的职业生涯画下了完美的句点。那场比赛的对手是凯尔特人队，比赛进行到第13分钟时斯蒂法诺摘下了队长袖标，将它戴在了格罗索的手臂上。效力皇马11年，斯蒂法诺为球队贡献了308粒进球，比赛后球迷用最热烈的欢呼告别这位传奇球员。
尽管巨星退役，但是这并不影响皇马续写辉煌。1965年4月18日，皇马完成西甲五连冠。这一成就在当时可谓空前绝后。在那个赛季（1964/65赛季）皇马“Yeye”之队时期的几位重要球员开始成为核心，他们分别是：格罗索、皮里、桑奇斯 和德·费利佩。
