19世纪40年代，皇家马德里同巴塞罗那的竞争是主旋律，这十年当中球队涌现出一批未来之星。首先皇马必须要重建查马丁球场，组建一支球队，重新返回足坛。面对摆在面前的难题，圣地亚哥·伯纳乌 没有退缩，接受并出色完成了任务。这十年皇马为未来的辉煌储备力量，打好基础。为皇马后来“获得二十世纪最佳俱乐部”奠基。
皇马需要面临内战（1936年-1939年）后的重建工作，内战令皇马损失了大量高水平球员。皇马的重建工作得到了Pruden、Corona、Bañón公司的大力支持。1943年西班牙杯半决赛中皇家马德里和巴塞罗那相遇。首回合比赛皇马客场0-3失利，次回合回到主场皇马凭借一场酣畅淋漓的狂胜逆转晋级决赛，主场的比分为11-1。从那时开始皇马和巴塞罗那正式结仇，时至今日每逢他他们交手必是世人瞩目的焦点。
1943年9月15日首次以皇家马德里主席身份亮相，开始了他在球队传奇般的管理生涯。他上台后主张各队之间和平共处，互相扶持。1948年为了表彰他在皇家马德里“出色的工作以及辛劳的付出”皇马决定任命他为球队的名誉主席。
1946年6月9日，皇家马德里距离上次杯赛夺冠10年后再次出现在西班牙杯决赛中，对手是瓦伦西亚。在蒙特尤奇球场，皇马在比赛中占据绝对主动，3-1击败瓦伦西亚夺得冠军。马德里市长向代表球队参加了237场比赛的伊皮尼亚颁发了运动奖章，以表彰他取得的成就。同时每位球员和教练员都收到了一个装有1000比塞塔（6欧元）的真皮钱包。
之前的查马丁球场容量已经无法容纳日益增长的会员和球迷，同时伯纳乌主席希望皇马能够成为欧洲足球的领军球队，因此经过30个月的施工，这位欧洲最大的球场——新查马丁球场正式落成。球场承办的第一场比赛时皇马对阵葡萄牙球队贝伦内斯的友谊赛。新查马丁球场举办的第一场西甲联赛是皇马对阵毕尔巴鄂竞技的比赛（5-1）。
伴随新查马丁球场的落成以及球队不断取得成功，球队高层认为出版一个自己的刊物势在必行。1950年9月1日《皇家马德里信息通报》问世。头版头条刊登了伯纳乌主席的手稿：“我祝愿《马德里信息通报》取得成功。长者的忠告：善待你的朋友，更要善待你的敌人。”
皇马对胜利永远充满渴望，希望能够继续将更多的奖杯放入陈列室的展示柜中。1958年8月1日球队签下了当时世界最佳左边锋费伦茨·普斯卡什。凭借标示性的重炮轰门以及超高的进球效率他收获了“小钢炮”的绰号。普斯卡什毫无争议是球队的传奇巨星，他和斯蒂法诺、里亚尔、科帕、根托组成的攻击线令对手胆寒。
